Purpose#

用于纳米载体疫苗计算设计中的结构、暴露、MD 与终审门禁判定。

本 skill 专门负责 Gate 1–4 的证据整理与 Go / Hold / Kill 判断。

When to use#

当用户提供以下任一信息时调用：

• AF2 / ESMFold / AF3 / Boltz-1 预测结果。
• SASA / 表位暴露结果。
• 2–5 ns 平衡审计结果。
• 100 ns MD 结果。
• checkpoint、日志、NPT 密度、RMSD、Rg、关键距离等摘要。

Audit dimensions#

必须分开检查以下五项：

1. 结构可行性
2. 表位可及性
3. 动力学稳定性
4. 工程可制造性
5. 是否值得进入更昂贵计算

Required checks#

Gate 1#

• 结构拓扑是否合理
• 关键区段是否断裂
• linker 与展示端是否冲突
• 是否存在明显界面错误

Gate 2#

• 表位是否动态可及
• 是否长期遮挡
• SASA 是否支持进入 MD
• 是否存在构象塌陷导致暴露丢失

Gate 3#

• 2–5 ns 是否达到基本平衡
• 温度、压力、密度是否正常
• 是否存在日志缺失、checkpoint 缺失、输出文件异常
• 是否存在爆炸、持续漂移、异常离子行为

Gate 4#

• 100 ns 是否优于负对照或历史基线
• repeat 间是否趋势一致
• 长程下表位是否保持暴露
• 是否具备进入 CpHMD / TI-FEP 资格

Required output format#

1. 输入结果摘要
2. Gate 1 判定
3. Gate 2 判定
4. Gate 3 判定
5. Gate 4 判定
6. 主要失败模式
7. 决策：Go / Hold / Kill
8. 需要补跑的数据

Default decision logic#

• 只要存在关键日志缺失、checkpoint 异常或体系健康不明，默认 Hold。
• 若结构逻辑不成立或表位长期不可及，默认 Kill。
• 只有在结构、暴露、动力学三者同时满足时，才 Go。
• CpHMD 和 TI/FEP 仅作为高级终审，不得作为补救一切问题的默认手段。

Warnings#

• 不得用单次最佳轨迹替代重复结果。
• 不得只用单个评分指标下结论。
• 不得忽略失败日志。
• 不得把高模型置信度当作物理正确性。