Method Repository#

将论文分析中提取的流行病学研究设计和统计方法存入本地 SQLite 数据库，实现自动去重。

触发条件#

当用户说以下话语时激活：

• "存入数据库"
• "保存到知识库"
• "记一下这个方法"
• "把分析结果存到数据库"
• "记录这些方法"

数据库结构#

数据库路径： D:\autoclaw\结果\医学研究方法库\methods.db

表1：study_designs（流行病学研究设计）#

字段类型说明idINTEGER主键design_nameTEXT UNIQUE研究设计名称（中文）design_name_enTEXT英文名称cohort_nameTEXT队列名称（如：UK Biobank、Framingham Heart Study、NHANES等著名队列的具体队列名称）data_sourceTEXT数据来源（如：UK Biobank、NHANES、SEER等公开数据库，或研究发起单位的医院/社区）cohort_featuresTEXT队列特征（样本量、年龄范围、随访周期、地理/人口特征）descriptionTEXT研究设计描述key_featuresTEXT核心特征suitable_scenariosTEXT适用场景（什么研究问题适合用此设计）advantagesTEXT优点limitationsTEXT局限性paper_sourceTEXT来源论文标题added_dateTEXT录入日期

表2：statistical_methods（统计方法）#

字段类型说明idINTEGER主键method_nameTEXT UNIQUE方法名称（中文）method_name_enTEXT英文名称categoryTEXT方法类别（如：生存分析、降维方法、缺失数据处理、因果推断）purposeTEXT用途/解决的问题key_assumptionsTEXT核心假设前提（如：Cox的比例风险假设、MICE的随机缺失假设）data_requirementsTEXT数据要求（如：需要随访时间、需要分类变量、样本量要求）suitable_scenariosTEXT适用场景（在什么情况下选择此方法）interpretationTEXT结果解读方式（HR/OR/RR/PD等指标的含义）advantagesTEXT优点limitationsTEXT局限性paper_sourceTEXT来源论文标题added_dateTEXT录入日期

表3：concepts（流行病学概念/指标）#

字段类型说明idINTEGER主键concept_nameTEXT UNIQUE概念名称concept_name_enTEXT英文名称definitionTEXT定义（权威来源的定义，非自行推断）measurementTEXT测量方式（如何操作化定义）suitable_contextsTEXT适用情境（在哪些研究场景中使用）related_methodsTEXT相关联的方法（如：竞争风险相关方法列表）data_sourceTEXT典型数据来源（如：哪个公开数据库收录此变量）paper_sourceTEXT来源论文标题added_dateTEXT录入日期

表4：table_layouts（论文图表布局规范）#

字段类型说明idINTEGER主键table_nameTEXT UNIQUE表格名称（如 Table 1、Table 2）table_name_enTEXT英文名称purposeTEXT用途/展示目的row_structureTEXT行结构（变量如何排列、嵌套逻辑）column_structureTEXT列结构（分组如何排列、模型如何布局）variable_orderTEXT变量排列顺序（连续→分类→代谢/疾病指标）formatting_rulesTEXT格式规范（连续变量格式、分类变量格式、HR/CI格式）statistical_testsTEXT统计方法（用什么检验、用什么模型）notesTEXT注意事项（如脚注内容、参照组标注方式）paper_sourceTEXT来源论文标题added_dateTEXT录入日期

执行步骤#

Step 1：解析当前会话上下文#

从最近的分析对话中提取：

• 研究设计名称、数据来源、队列特征
• 统计方法的假设前提、数据要求、适用场景
• 概念的权威定义、测量方式、典型应用

如果当前会话中没有足够信息，先询问用户补充。

Step 2：自动去重检查#

sql

SELECT * FROM statistical_methods WHERE method_name = '?'
SELECT * FROM study_designs WHERE design_name = '?'
SELECT * FROM concepts WHERE concept_name = '?'
SELECT * FROM table_layouts WHERE table_name = '?'

• 已存在 → 跳过
• 不存在 → 准备插入

Step 3：写入数据库#

python

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO study_designs
    (design_name, design_name_en, cohort_name, data_source, cohort_features,
     description, key_features, suitable_scenarios, advantages, limitations, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (design_name, en_name, cohort_name, data_source, cohort_features,
     desc, key_features, scenarios, advantages, limitations, paper_source))

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO statistical_methods
    (method_name, method_name_en, category, purpose, key_assumptions, data_requirements,
     suitable_scenarios, interpretation, advantages, limitations, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (name, en_name, category, purpose, assumptions, data_req,
     scenarios, interpretation, advantages, limitations, paper_source))

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO table_layouts
    (table_name, table_name_en, purpose, row_structure, column_structure,
     variable_order, formatting_rules, statistical_tests, notes, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (table_name, en_name, purpose, row_structure, column_structure,
     variable_order, formatting_rules, statistical_tests, notes, paper_source))

Step 4：汇总报告#

text

【数据库存入完成】

## 新增记录（X条）
| 类型 | 名称 | 数据来源/类别 | 来源 |
|------|------|-------------|------|

## 跳过（已存在，X条）
| 类型 | 名称 |

## 当前数据库统计
- 研究设计：N 条
- 统计方法：N 条
- 流行病学概念：N 条
- 论文图表布局：N 条

注意事项#

• 使用 INSERT OR IGNORE 保证 UNIQUE 约束自动去重，不报错
• 每个字段都尽量填写完整，不要留空；无法确定的字段标注"待补充"
• paper_source 记录来源论文，方便追溯
• 数据来源尽量写具体数据库名称（如 UK Biobank、SEER、CHNS），而非泛泛写"公开数据库"
• 数据库文件不存在时会自动创建